רק לאחר תחילת "הפתרון הסופי" [1942] הציגו הנאצים מדיניות ברורה בנוגע לחיות מחמד שהיו בבעלותם של יהודים בגרמניה ובאזור הכיבוש הנאצי. הצו האוסר על יהודים להחזיק בחיות מחמד פורסם ב-15 במאי 1942. לפי צו חדש זה, כל האזרחים והזרים שהיו מחויבים לענוד טלאי צהוב, ומי שגרו איתם, נדרשו להביא את חיות הבית שלהם לנקודות איסוף מיוחדות עד ה-20 במאי להמתה. לחילופין, הם יכלו להציג תעודה וטרינרית המאשרת שחית המחמד שלהם כבר הומתה. לפי המודעות בעיתונים היהודיים, אי ציות גרר תגובה מטעם הגסטאפו. העברת חיות המחמד לצד שלישי או לאומנה נאסר לחלוטין.

ההמתה של חיות המחמד שנאספו נעשתה על ידי וטרינרים של ארגון ההגנה על בעלי חיים הגרמני (Tierschutzverein). שאלונים בנושא מספר חיות המחמד בכל בית מולאו בערים הגדולות טרם יישום הצו. בערים הקטנות נדרשו היהודים לדווח לרשויות היהודיות המקומיות אודות חיות המחמד שברשותם.

שלא בדומה לצווים מוקדמים יותר, צו זה היה תקף לא רק למי שהוגדרו כיהודים על פי חוקי הגזע, אלא גם לבני זוגם ה"אריים", במקרים של משפחות מעורבות, ללא קשר למי שהיה הבעלים הרשומים של חית המחמד. בברלין, פרסום הצו גרר זרם של תחינות מבעלי חיות מחמד יהודים ולא יהודים כאחד. בבית החולים היהודי ברחוב Iranischestrasse 4, לשם הובאו חיות מחמד שיועדו להמתה, נאספו זוגות גרמניים מעורבים רבים ומחו על הצו. חלק מהבעלים שלחו תמונות שלהם עם החתולים והכלבים שלהם, ואחרים בילו ימים במשרדים עירוניים וממשלתיים שונים במטרה לקבל פטור, שבו זכו רק מעטים.

מחבר היומנים ויקטור קלמפרר ואשתו הלא יהודייה אוה בחרו לעשות המתת חסד לחתול האהוב של אוה, מושל, ב-19 במאי ולא למסור אותו "לגורל אכזרי עוד יותר בידי הגסטאפו". בפראג, הניצולה הלן לואיס הייתה עדה לנקודת איסוף כזו לחיות מחמד, ותיארה סצנה קורעת לב של בעלי חיות המחמד ושל חתוליהם וכלביהם הכלואים נסערים ובוכים. חברתה היהודייה שהייתה נשואה ללא יהודי הורשתה להמשיך ולהחזיק בכלב הפודל של בעלה כל עוד לא נראתה אתו בפומבי.

היו אלה שבחרו להתעלם מהצו. בשנת 1943, אלמנתו של יהודי גרמני מברלין סיפרה לרבי מרטין ריזנבורגר במהלך טקס הלוויה של בעלה: "היה לנו תוכי. כשקיבלנו את הצו לפיו אסור ליהודים להחזיק בחיות מחמד, בעלי לא יכול היה להיפרד מהתוכי שלו… אולי מישהו הלשין עליו, משום שיום אחד בעלי קיבל זימון להתייצב בפני הגסטאפו. אחרי שבועות ארוכים מלאי חשש קיבלתי גלויה מהמשטרה לפיה, תמורת תשלום של שלושה מרקים יכולתי לאסוף את הכלי שהכיל את אפרו של בעלי". הרב ריזנבורגר עצמו נאלץ להרדים את כלב השפיץ בן ה-13 שלו.

צו חיות המחמד היה ללא ספק רמז עבה לעומד לבוא. ברור היה עוד לפני פרסומו כי שאלת הבעלות היהודית של חיות מחמד יכולה הייתה להיפתר באמצעות מציאת אומנות לבעלי החיים. הכללת זוגות מעורבים בצו מראה כי מטרת הצו הייתה לייסר את הציבור היהודי ואת מי שהיו קשורים אליהם. ניצולים רבים, לרוב ילדים, זוכרים את הצו הזה כאחד האכזריים ביותר. חיות מחמד מעטות נמצאו לאחר המלחמה. חתולים בעיקר נשארו בסביבת בתיהם הקודמים, אפילו בהריסות, אולי משום אורח חייהם הפחות תלותי. בדנמרק, שכנים רבים דאגו לחיות המחמד של יהודים לאחר הבריחה הגדולה לשבדיה.